ภาควิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ให้จัดตั้งและแบ่งหน่วยงานใหม่ เมื่อ วันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2547 ในเบื้องต้น ภาควิชาฯ รับผิดชอบดูแลการผลิตบัณฑิต ระดับปริญญาตรี ตามหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา ฉบับ พ.ศ. 2544 ต่อมา ในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 คณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้รับทราบหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา (หลักสูตรใหม่) ฉบับปี พ.ศ. 2549 และวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2551 สภามหาวิทยาลัยศิลปากรอนุมัติหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา (หลักสูตรใหม่) พ.ศ. 2551 และคณะกรรมการการอุดมศึกษารับทราบ เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2551 หลังจากนั้น ภาควิชาฯได้มีการปรับปรุงหลักสูตรทั้ง 3 หลักสูตร ตามวงรอบการปรับปรุงหลักสูตรตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรที่กำหนดโดยคณะกรรมการการอุดมศึกษา และเกณฑ์ Asean University Network Quality Assurance (AUN-QA) ตามลำดับ จนถึงปัจจุบัน โดยมีปรัชญาของหลักสูตร ดังนี้

   ปรัชญาของหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา (หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2565):    เสริมสร้างคุณภาพการศึกษา เพื่อผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ความสามารถ มีทักษะในการค้นคว้าวิจัยด้านจุลชีววิทยา แก้ปัญหาและพัฒนาการปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ มีคุณธรรมจริยธรรม สามารถทำงานร่วมกับผู้อื่นได้ และมีจิตสาธารณะ

   ปรัชญาของหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยา (หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2569): มุ่งผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ภาคทฤษฎีและทักษะภาคปฏิบัติ ที่มีความเชียวชาญทางจุลชีววิทยา

   นอกจากนี้ ภาควิชาจุลชีววิทยายังร่วมมือกับภาควิชาเคมี ในการจัดตั้งหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาเคมีประยุกต์และจุลชีววิทยาอุตสาหกรรม (หลักสูตรใหม่) ฉบับ พ.ศ. 2565 โดยสภามหาวิทยาลัยศิลปากรอนุมัติหลักสูตรเมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2564 และสำนักงานปลัดกระทรวงการอุดมศึกษาวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม รับทราบเมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2565 โดยมีปรัชญาของหลักสูตร ดังนี้

   ปรัชญาของหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาเคมีประยุกต์และจุลชีววิทยาอุตสาหกรรม  (หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2565): มุ่งผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ทางทฤษฎี มีทักษะการปฏิบัติงาน และมีจรรยาบรรณที่นักวิทยาศาสตร์พึงมี ผ่านการจัดการศึกษาให้ผู้เรียนเกิดผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนโดยใช้การศึกษาที่เน้นผลลัพธ์

   การเรียนรู้ โดยบัณฑิตเป็นผู้นำผสานศาสตร์และศิลป์ สร้างสรรค์คุณค่าสู่สังคม  สามารถประยุกต์ความรู้ทางเคมีและจุลชีววิทยาเพื่อการประกอบวิชาชีพในภาคอุตสาหกรรม ตลอดจนทำการวิจัยที่ส่งเสริมภาคอุตสาหกรรมของประเทศ